陕甘回民起义
陕甘回民起义又称“同治陕甘回变、同治回乱、陕甘回变、陕甘回乱、回回乱”等。是1862至1873年间，发生在陕西、甘肃（此时的甘肃省包括今宁夏回族自治区、青海省西宁市和海东市）两省的回民暴动、叛乱。“回民”是指信仰伊斯兰教的民众，即穆斯林，建国后绝陕甘回民叛乱大部分被划定为回族。
这场动乱极大地改变了陕甘两省的民族分布。在战争中，回汉两族在陕西、甘肃两省互相仇杀。战乱初期，回民在伊斯兰宗教领袖的带领下，趁晚清局势动荡，企图在中国建立一个政教合一的伊斯兰国家。
陕西人口在战乱中损失达622万，甘肃（此时的甘肃省包括今宁夏回族自治区、青海省西宁市和海东市）人口损失达1455.5万。
战后陕西的回民只有居住在西安的两万多人存留。清廷深谋远虑，为了避免重蹈宗教极端势力清洗异教徒、分裂中国的覆辙，将许多投降的陕甘回民分散迁移到西部各地。
事件介绍
晚清太平天国起事后，各地都兴起了团练，俗称为勇。清代的勇与兵有严格区分，勇是团练即民兵，兵是正规军。咸丰末年，为了对付太平军，河南巡抚严树森曾招募了六百名陕西回勇往开封协防，事毕后回陕遣散，为陕 西团练大臣张芾所留用。适逢太平天国扶王陈得才勾结捻党，在同治元年从河南经由武关入陕西，陕西大乱，这批被征的回勇乘乱散走。一批原籍同州、散伙归家的回勇走到华州（今陕西华县）圣山小张村，有个回勇看上了村边的竹子，与姓王的园主商定，每斤铜钱20枚购买。正在砍竹子时，主人的父亲来了。老头得知卖竹子的情况后，觉得价钱低了，想反悔。但是，老头不是责怪自己的儿子不会做买卖，而是诬陷砍竹子的回勇是偷竹子，双方发生了冲突。恐怕谁也没想到，这一冲突，竟然导致了一场惊天动地的大乱。
只是在钦差大臣多隆阿（1817—1864年）到达以后，清朝才开始转败为胜。多隆阿原来是一名八旗军军官，因胡林翼的提拔而升任湘军将领（在他麾下的那一部分湘军名为楚勇）。1861年，多隆阿帮助曾国荃从太平军手中收复了安庆，他自己在1862年攻克了庐州。他的勇营被证明在对付回民时同样有效。1863年3月，多隆阿的勇营攻占了陕西东部作为东干人主要基地的两个市镇。他在8月间打破了对西安的封锁，把回民赶到了陕西西部。1864年3月他死于对侵犯陕西的四川太平军的战役中，这时他已扑灭了陕西省的回民叛乱。可是大批陕西回民却逃入甘肃，参加了在那里早已起义的人数众多的回民部队。
甘肃的叛乱似乎是回民首先发难的，马化龙的新教教徒则在其中起了很大的作用。早在1862年10月，某些回民领袖就传话，说清朝即将大肆屠杀回民，所以他们组织起来包围了灵州这个位于马化龙基地金积堡以北四十余英里的大城市。与此同时，回民在甘肃东南部攻打了固原，这是横跨一条交通要道的战略冲要城市。驻兰州的总督恩麟发现只有和为上，别无他法。在他的建议下，1863年1月北京为甘肃下了一道特旨，重申对回民的不歧视原则。但是甘肃与陕西一样，回汉双方地方队伍都倍蓰增加，冲突与日俱增，所以四年之内除省城和其他少数几个城市外，全甘肃省几乎都被回民部队占领。
历史背景
回民状况
中国回族大分散、小集中的居住格局，自形成之时，就于汉族同处一地，由于生活习俗的不同，使双方的误解，隔阂日趋加深。特别是西陕甘地区“回汉杂居，俗尚各别，睚眦小忿，本人情所不能无。 ” 回、汉两族对于这种因习尚绝殊而导致的“龃龉相仇杀，（亦）视为固然者久矣。”咸丰八、九年间，有些县分就发生大规模的回汉持械殴斗的事件。 然而，清政府却利用这种矛盾，采取以汉制回的政策，处处偏袒汉人，“凡争论斗殴，无论曲直，皆抑压回民。汉人复持众欺凌，不知回性桀骜，亿万同心，日积月长，仇恨滋深。 ” 左宗棠在分折这次战争的起因时亦指出，“陕回之祸由于汉回构怨已久，起衅之故实由汉民。 ”
虽然中国本部的回民从来没有明确的、文化上得到支持的基础，以便向北京皇帝的权威矢志效忠，但他们已在中国生活了许多个世纪。他们的典籍里虽然保持着对真主的特殊尊崇，但也赞同儒家的三纲（即君为臣纲，父为子纲，夫为妻纲）。在传统上，回民也受到历代清朝皇帝的相当优遇，回民能参加科举考试；许多人也能在文武两途出仕，尽管其职位通常并不很高。但从1762年起，清帝颁发了歧视他们的严厉的法律。例如，陕西和甘肃的回民犯了盗窃和抢劫罪必须充军到云南和贵州，有时还处以终生戴枷，这比其他中国人在犯同类案件时轻科的笞刑要重得多。这 种反回民的法律要比清代最早的重大回民叛乱早约二十年；当然，这些回民叛乱又加剧了清朝官员对以清真寺为中心的社会的疑惧。汉民由于十九世纪初年的生活日 益困难，就更加把回民看成是土地占有和贸易方面的对手。汉民和回民打官司的时候，裁决很少对回民持平正态度。汉族官员本人有偏见，满族官员又通常左袒汉民。
文化冲突
中国传统社会中，儒家文化一直被视为普世文化，儒家的价值观念也一直被视为普世价值。作为外来宗教的伊斯兰教，往往被视为异说。“回回教门异于中国者，不供佛、不祭神、不拜尸，所尊敬者唯一天宇。……见中国人修斋设醮则笑之。”汉人则视“回回白守其国俗，终不肯变。结为党伙，为暴闾阎，以累朝之德化而不能驯其顽犷之习” 。入清以来，尽管在较长的一段时期内，官方对待回民的正式态度尚较宽容，但士大夫阶层中对内地信奉伊斯兰教的回回族群的偏见和歧视却甚嚣尘上。雍正年间，山东巡抚陈世绾两次上奏，指陈回民罪状，请求禁绝伊斯兰教。所奏内容虽为一己之辞，但这种思想在大清的官员中，却较有代表性。
对于那些通过科举跻身仕途的回民官员们来讲，在充满歧视与偏见的官场之中，如何坚守自己的信仰，是一件非常困难的事情。中田吉信在《清代回族的一个侧面》一文中，为我们详细描绘了官场中回籍官员们战战兢兢、委曲求全的形象。根据伊斯兰教规，安拉是唯一信仰，禁食猪肉，禁止饮酒。但很多情况下，他们往往不得不向皇帝以及其他崇拜的神或偶像进行跪拜，而皇帝赐宴或共同宴饮时，酒肉之禁亦往往不能守。《清稗类钞》宗教类回教徒不食猪肉条记曰：“凡以回籍服官者，荐擢至三品，即须出教，以例得蒙赏喫肉，不能辞也 。”
乾隆继位以后，清廷对待回民的态度逐渐发生了变化。当士大夫阶层和各级地方官员中普遍存在的针对回民的文化歧视和宗教歧视上升为国家意志之后，对现实生活产生直接影响的司法歧视便产生了。从乾隆二十七年（1762年）开始后的100多年间，一系列专门针对回民的律文、例则不断地被制定和完善起来。这些律文、例则使得回民沦为法律意义上的贱民， 地方官员在处理回、汉诉讼时扬汉抑回的态度大都根源于此，而一般民众对待回民的态度也深受其影响。
汉人欺负回民，往往认为自己是主人，人多势众，有优越感。对于回民，则认为他们是客户，是少数人，无足轻重。是以肆意侮辱，毫无顾忌。冲突中有汉人将猪肉投入回民井中者，有在回民集市宰卖猪肉者，亦有以猪肉故意碰沾回民衣襟挑衅者，不一而足。“回之防汉，恒虞待以异族；而汉之视回，尤轻蔑而兽畜之 。”同治以前，频繁发生的冲突与摩擦，汉回未尝交恶，或偶因羊豕启争，亦相怨一方而已，旁观者不以为然。从回民到汉民，从民间到官方，彼此都习以为常，认为其不过如漳泉大姓之械斗，未必叛也。因此，几乎没有人想到这种冲突与摩擦会导致同治年间那样一场惨烈的战争。
同治以前，在回、汉矛盾比较尖锐的关中地区，汉人不尊重回民的宗教禁忌，往往导致严重的流血事件。光绪年间渭南县长尹长龄，捉到一个刀客，头上给套了个猪尿脬。刀客说，我不怕杀，只怕此法。尹说，此法不是我发明的，这是同治年间渭南县某整治回回的办法。地方官员在处理此类事件时，往往偏袒汉民，致使矛盾激化。据大荔县李蔚若讲，“回、汉杂居时，常有无赖汉人侮辱回民。有一汉人以猪肉触到回民的衣衿，回民当面就把衣衿割去，遂至成讼，汉宫不仅不能解决纠纷，且吓唬回民说：‘拿猪肉触你衣衿，你便割去衣衿，若拿猪肠绕你的颈项，你也持刀割去你的头吗？’此回民听后，愤怒万分，然以人少势微，不敢和汉官为敌 。
除了这种因宗教禁忌引发的冲突外，也有因宗教原因产生的利益冲突。咸丰七年，渭河以南演戏摊款，回众以宗教关系，拒不接受，遂起械斗。后虽经官府禁止，但地方绅士起而反对，以为演戏自古皆然，岂能以“回匪”关系，便行禁止？因记载过于简单，这一事件的具体情况我们不清楚，但是，此类冲突显然是发生在回、汉杂居的村落之中，乡村中公权与教权发生矛盾是导致冲突发生的根本原因。
地畔相争
地畔相争是回、汉冲突中最重要的一个方面，皮影戏《打羌白》第二出回回头目马盛上台有四句道白：“家住沙窝在马家，地畔相争动杀伐。” 所谓“地畔相争动杀伐”一句，指的就是同治回变起于地畔相争。同治以前，回、汉田畔相争主要发生在回、汉人口分布密集，人均土地较少的地区。关中回民人多地少，对农耕之事相当重视，不但吃苦耐劳，而且懂得精耕细作，甚至不惜以小麦换汉人粪灰肥田 。正因为如此，许多不为汉民所重视的边角之地，大都变成了收获颇丰的高产之区。例如大荔沙苑回民善于农事，会经营沙地，护沙的工作做得很好，白马营的粮食产量很高，是从前人称为“金粮”的产地 。相对于一般的汉人，回民较为富裕，有一定经济能力去购买新的土地，而地少人多的现实情况也使得这种扩展的欲望更为迫切。
以回民巨堡南王阁为例，该村回民人口众多。有一千数百户，北部羌白镇、东部八女村以及西部的毕家村均为汉民所居，唯有南部为回民势力范围，但又邻近沙苑，土地较少。回民富裕而地少，所以尽力向汉人买地，南王阁西面金水沟一带的土地逐渐购为已有。对于那些离本村较远的田地，只要汉民肯买，也不惜受跋涉之苦，重金买人。比如南王阁的回民在距离本村20里路的姚期寨买地，地里没有粪，要从南王阁运去，每日只能运一同半[5]。汉人则利用回民买地心切切的心理，意图高价把地售出，但另一方面又担心一售地与回民，便永不能赎回来了，所以不愿把地售给回民[5]。矛盾彷徨之中，冲突由此而生。之中，冲突由此而生。
利益之争
周期性的集市或庙会既是乡村商品交换的场所，也是人员汇集、大众娱乐的场所，在乡村生活中占居重要地位。赶集时，双方往往因为细故小事发生争斗，甚至引发械斗，杀伤人命。同治以前，泾阳的经纪牙客对于贩羊牛为业的回回很不公平。汉人来卖猪，经纪牙客很顺利地给的是好价钱。回回卖牛羊，他们百般习难，估的价钱很低。因此，泾阳县流行着两句话，就是“黑猪卖的是白银子，白羊卖的是烂银子” 。而且，回回卖了牛羊，往往不能及时收到钱，有时长达一两个月。
西安鱼化寨这一带过去汉、回杂居，常因细故打架，后来便闹成大祸。从前七月十一日是双水庙汉人过会的日子，回民小贩常上这里来赶会。汉人吃柿子论把儿（蒂）算钱，但汉人或把把儿吃下去，或抛掉，结果打起架来，回民经常吃亏。八月十四日是三会寺回民的会，汉人就去赶集。有一天集上双方打了架，死回民六人，汉民一人。结果告到官，回民被轰下去，从此回民便衔恨在心，以致积怨成仇，弄得不可收拾。
法律歧视
《大清律例》中的回族条文与其他相关律例的静态的对比研究，可以得出这样的结论：《大清律例》中的回族立法无一不充斥着对回族人民歧视与压迫，显示出回族人民在法律面前所受到的不平等待遇。在清廷看来，一方面“回人久隶编，即与百姓元异” ，“回岂非民乎？” 针对普通百姓的法律均可适用于回族，另一方面又诬称“回民犷悍成习，结党为匪，仅照常办理不足示惩” ，还要特别制定更严酷的法律，回族人民可谓苦难深重。
不仅如此，清朝统治阶级还在司法活动中加深着对回民的歧视和压迫。例如，原回民结伙行窃例中，对持械并无具体界定，嘉庆二十五午（1820年）山东省为严惩内窃盗之风，制定新例，“凡非徒手，即应以执持器植论”、“器械二字包括一切顺杆、软梯、铁凿、铁锨、小刀等物”，由于该省严惩窃盗的旧有条例系引自回民例，因而山东省的新规定又彼反引到回民例，通行全国 。该条例中“回民结伙”提法最初没有详细区分被结伙者为汉民或回民，后来在司法实践中官员们发现回民与汉民结伙，若均照回民例处置，对汉民来说处罚太重，于是官方对“回民结伙”的情况补充新的解释，汉民与回民伙同行窃，各按各自的律例科断，从而明确了汉回不平筹的事实 。乾隆五十二年（1787年）陕甘总督因故奏请各省凶犯回匪停发甘肃，酌发他省，一些官员处于阴暗的心理，认为回民改发他省是得到优遇，“使不法凶回终得安处腹地，不足以儆凶顽”，于是请求“将回民结伙三人以上执持凶器殴人者，俱实发烟瘴充军，并回民抢夺数在三人以下，持械逞强一项，其情罪正复相等，此等回犯为数不多，酌发四省烟瘴充军，亦不在拥挤”，结果此议案“奏准通行” 。一些官员总是希望把歧视性的法规扩广到更大的范围，例如，清朝原本规定在回民结伙持械行窃案中，案犯不得存留养亲，回民结伙斗殴中一般人犯是可以申报存留养亲的。道光六年（1826年）陕西巡抚在审理回民糜锡等共殴致人身死一案时，拟将从犯回民糜虫受儿充军，虽其亲老丁单，不得存留养亲，连刑都都觉得此举过于严厉，“回民结伙共殴拟军之犯，本不在不准留养之例，且回民结伙共殴拟军之例；原系因该回民等犷悍成风，动辄争殴，故罪较凡斗加重，并非罪大情重，法无可逭之犯”，因而否决了陕抚的建议，应准予糜虫受儿存留养亲 。
以上各条不过是笔者从官方文书中随手摘引而来，在实际生活中，官府偏袒汉民，欺压回民的事屡见不鲜，一些汉族士大夫也颇有感慨，“向来地方官偏袒汉民，凡争讼斗殴，无论曲直，皆抑压回民” ，“官吏既袒汉民，又以回之易与也。辄任意出入其法，回众杀汉者抵死，汉杀回者，令偿敛银二十四两” ，最后连清朝的皇帝也不得不承认这一事实：“该回民等久隶中华，同受国家覆育之恩，含毛贱士二百余年，其间登仕版者，亦复不少，岂无天良？何至甘为叛逆？推原其故，始则由地方官办理不善，遇有互斗等事，未能持平办妥，以致仇衅日深。” 严酷的法律再加上不公正的司法，回民如雪加霜，认识到这一点也就不难解释清代回民频频起义的原因了。
统治压力
清朝咸丰时期，由于东南方战事巨大，陕西负担严重加大，实收的田赋增加到了正规田赋一倍半。陕西地区，在回民起事之前就爆发过两次农民运动。第一次是咸丰六年（1856年），渭南县渭河以北的农民，在刀客冯元佐率领农民到县里抵抗（据《陕西回民起义资料》第一篇介绍），反抗盐课摊派而“交卸农具”（即把种地的农具交上去，表示不再种田），它是类似工人罢工的消极反抗办法，后来很快就被官府瓦解。第二次是在咸丰十一年（1861年），临潼县李桥人杨生华号召村民叛乱起义，渭河以北几个大镇都参加了，与官兵相持数月后失败，杨生华全家被杀。（可见于马长寿《同治年间陕西回民起义历史调查记录》）
门宦之争
门宦来源于汉族的“宦门”“门阀”一词，是中国穆斯林的特有组织。它上有教主，道堂，下有清真寺，形成一个严密的组织。教主一呼百应，教徒唯命是从。门宦之间，各自独立，相互排斥，矛盾和冲突经常发生。
明末清初，随着甘肃回族聚居地区农业经济的发展和回族内部矛盾的激化，甘肃伊斯兰教内部产生了三大教派（格底目，依黑瓦尼，西道堂）和四大著名哈里发（虎夫耶门宦，哲赫忍耶门宦，嘎的林耶门宦和库不忍耶门宦）。清朝乾隆时代起首先在甘肃河州一带回民中出现了政教合一的哈里发国家。哈里发制度作为新的政治力量的兴起，改变了原来的政治格局和民族关系，
派生出十分复杂的内外矛盾。清政府对门宦势力采取了严厉打击和极力压制的政策，这不仅表现在清政府自乾隆以后竭力企图取缔回民的哈里发门宦组织，而且这一政策直接演化为清王朝对整个回回民族的歧视和排斥。这种专制统治在民族问题上的野蛮政策激起了西北回民的激烈反抗，这样很自然将斗争的矛头指向清政府，使回民有了一个共同的反抗目标。
随着伊斯兰教的发展和苏非主义在西北回族社会中的进一步传播，甘、宁、青地区的一些回族在远赴麦加朝觐期间接受并学习了新的伊斯兰教理论，回国后便积极传播，并得到广大穆斯林群众的热烈欢迎与支持，使得具有较高组织程度的各种门宦开始出现在回族社会中。随着门宦的形成和门宦制度的发展与完善，回族社会内部又发生了巨大的变化，这个变化就是回族社会内部组织化程度的加强与提高。而这个变化过程所引发的社会整合使原有的社会关系发生了重大的改变。这种社会关系的改变在西北地区穆斯林民族的内部与外部都发生了重大的变化。而无论哪一种形式的改变，在当时的历史条件下对于清王朝腐败的统治都是一种比较严重的威胁和挑战。同时，哈里发回族门宦制度的发展是以回族社会组织化的方式来完成的，而这个方式是从宗教领域发展起来并以宗教形式来进行的。在这个过程中，回族社会内部的竞争导致了回族内部教派与门宦之间的矛盾斗争日趋激烈，从争夺教徒到争夺清真寺及其他各个方面，最终导致一系列大规模的械斗与仇杀事件。因此，清王朝对西北回族教派门宦矛盾斗争的利用、分化与打击，使西北回族社会承受了前所未有的政治压迫，导致了西北回族与清王朝之间严重的矛盾对立与惨烈的流血冲突。从清乾隆十三年开始，门宦之间的权力斗争共爆发了五次，清王朝在西北地区的各级官员并没有真正地认识和了解回族社会的实际情况，因此对于教争问题的严重性与危险性的估计不足，所以在处理教争问题上采取了错误的方式，直接促成了回族、撒拉族人民的反清叛乱。教争问题所暴露出来的本质问题是门宦势力与官府统治的矛盾问题。一方面，门宦组织化程度的提高加强了回族社会内部的凝聚力与实力，增加了清王朝的统治难度。另一方面，教争的矛盾与回族和清王朝统治的矛盾密切相关，教争的升级终于导致回族、撒拉族与官府矛盾的尖锐对立并以起义的方式表现出来，这种模式几乎成为清朝后期几次回民起义的一般规律。
1781年，哲赫忍耶创始人马明心的弟子苏四十三领导了屠杀异教徒的叛乱，但其教派争权的错误思想导致了起义迅速被清廷瓦解。1784年田五、张文庆等为首的石峰堡起事；1862年以马化龙为首的宁灵反清起事。
暴乱过程
同治元年春，在太平军扶王陈得才部联合捻军进入陕西的直接推动下，关中各地回民纷起响应。（其主要领导是赫明堂、任武，短时间内形成了十八大营，有于彦禄等18元帅。回军曾包围西安达一年多，还曾包围了潼关，一度威胁着陕晋豫的咽喉要地和山西滨河一带的地区。
赫明堂即与甘肃河州老教回民取得联络，于同年秋占据泰州（治所在今天水市）秦安。翌年，平凉、固原、西宁、狄道、河州、宁夏，先后为义军所占据。当同治五年（1866）捻军梁王张宗禹等部进入陕西时，原来已经退到甘肃的陕西回民造反军又纷纷东下，与捻军协同战斗。“捻回合势”曾造成西北反清革命形势的高潮。甘肃回民叛乱军的迅猛发展，在甘肃形成了以金积堡、河州、西宁、肃州为中心的四个反清基地，起义领袖为马化龙、马占鳌、马桂源、马文禄。
清廷先是用了大力来对付陕西的回民叛乱。从甘肃、直隶调来大量军队，特派胜保作钦差大臣，负责全省军务。胜保屡次打败仗。1862年11月，又派多隆阿代替胜保。多隆阿在攻取周至时战死，由穆图善接替了他。自同治三年至五年（1864—1866）， 战争互有胜负，叛乱军没有退出陕西。甘肃方面虽然已陆续有清军的援军开去，但都不济事。同治五年（1866）三月，兰州清军内部火并。而这时，陕甘饥民也揭竿而起。甘肃回民叛乱军，在这种情况下就更强大起来。
1866年，左宗棠接任陕甘总督，左宗棠深知回民军和捻军联合后更加难以对付。因此，他向清廷进陈方略说：“方今所患者，捻匪回逆耳。以地形论，中原为重，关陇为轻；以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓；以用兵次第论，欲靖西陲，必先清腹地，然后客军无后顾之忧，饷道免中梗之患。”又说：“进兵陕西，必先清关外之贼，进兵甘肃，必先清陕西之贼，驻兵兰州，必先清各路之贼，然后饷道常通，师行无梗，得以一意进剿，可免牵掣之虞。”这个方略的核心是“先捻后回”、“先秦后陇”，关键则是“不令捻回合势”。
10月至11月间，西捻军和回民叛乱军取得了连克陕西安塞（今安塞南）、延川、绥德等城的胜利。同年12月中旬，西捻军为救援东捻军，由宜川东面的壶口渡过黄河进入山西，回民叛乱军在陕西处于孤军作战的不利地位。在清军节节进逼下，叛乱军转取守势，十分被动，以致鄜州、宜君、三水、绥德等地相继失陷。
1868年11月，左宗棠参加镇压西捻军以后回到西安。陕西大局已定。
同治八年（1869）二月，左宗棠移军乾州，诱逼陕境回回入甘，以集中兵力，专心来对付甘肃方面。同年八月，刘松山进兵灵州，进逼吴忠型，又分兵到峡口宁夏，对金积堡形成包围的态势。金积堡地区的起义领袖马化龙团结了本地的回回，并吸收了从陕西入甘的白彦虎等部队，在金积堡周围布置了五百七八十座堡寨，时时出叛乱兵攻击并截断了清军的粮运。刘松山顽强地向金积堡进攻，曾缩小了包围圈，破坏了叛乱军不少的堡寨。翌年正月，刘松山被白彦虎部下打伤致死。刘松山的侄儿刘锦棠继帅其众，采取严密包围的办法，长期围困。金积堡人多粮少，日子一久，便无法解决食粮问题。至十一月，马化龙恐日后堡破，人民死亡太重，决心以个人的生命来换取大众的生命，便向清军投降。马化龙父子因此受到凌迟，但不少的回族的生命却得以保全，被安置到平凉。
肃州马文禄领导的回民暴乱军，成为陕甘回民暴乱军最后汇合的堡垒。同治十一年（1872），左宗棠派徐占彪进军肃州，后又加派队伍。肃州周围100多个堡垒尽被破坏，肃州被围困起来。清军日夜用炮轰城，城随坍随垒。清军掘隧道，马文禄则从城内截断。清军整整攻了18个月，肃州仍未攻下。翌年八月，左宗棠亲自到肃州督战，刘锦棠也从西宁率军前来。在其他根据地尽皆覆灭的情况下，肃州是处在清军优势兵力的包围之下，其孤立无援、压力之大，可想而知。八月间，马文禄被迫放弃了战斗，向左宗棠请罪。
以白彦虎为首的陕西回族在河州战役结束后，同当地回族、撒拉族结成联军，恃险拼死抵抗，给清军以不断的打击。由同治十一年（1872）九月下旬至十一月底，前后两月有余，大小50余战。十一月十九日，刘锦棠进驻西宁后，白彦虎誓不投降，率领眷属及党羽约2000余人，于翌年二月下旬由大通经永安冒着冰雪严寒向河西奔去。三月初，白彦虎率部通过仅容单车行走又有5营清军防守的扁都口，经山丹、东乐至甘州城外。三至四月中进至高台。肃州回民曾多次出城配合白彦虎部迎击清军，但由于清军截击，白彦虎不愿进驻肃州，而是率部经文殊山进军嘉峪关外，由敦煌奔向哈密。后在左宗棠的追击下，白彦虎部又由新疆转道至今吉尔吉斯坦共和国境内，
人口损失记录
《秦难见闻记》记载：“先是同州（今大荔）所属地方见回即杀。自宝绅格杀勿论之告示出，于是霸桥、斜口、新丰、水沟、蓝田一带，亦如同属”。巡抚令“曹继堂往东劝谕，至斜口见奸民（团练）气势凶恶，截杀往来回民，因谕之曰：‘汝等不享平安，而多杀无辜，此取祸之道也。一旦回民复仇，汝其无噍类矣。’答曰： ‘我等众逾十万，粮支数年何怕之有。’
西安府。1862年5月14日，歪口镇将马振麟缚绑，同行兵丁被杀。马是夜偷走进省，询其情，则彼处杀人已算矣。先是同州所属地方见回即杀，而咸长尚未如此。自官绅“格杀勿论”之告示出，于是灞桥、歪口、新丰、水沟、蓝田一带，亦如同属（如同州所属）。噫！杀人之权，授之愚氓乡团，官绅如此瞶瞶，于民何尤！是日长安李及马十二出城安抚。甘州提督马德昭来。十五日，闻新庄回汉打仗，各有死伤，城内外大惶。十六日，闻东留村回众被乡团杀尽，只逃得一人。是日城内惶惶，难民进城无数。又望见东北一带烟气冲天，询之则灞桥河一带及米家崖、新庄、水窑、阎家市各处，俱被团练烧杀，文武官员俱袖手旁观。十七日，闻刘家寨人被窑头人烧杀殆尽，石仓带团练数万，往东北迎出，来往数次始回，是日城外大乱。长安县令马德兴往西乡安抚回众，行至木塔寺，被汉团缚绑，随行八人俱身带重伤，赖石仓解救得免，遂西行，城内汹汹，各怀疑惧。讹言于是夕洗杀城中回民，余闻之不觉胆落。已闻西仓聚人无数，待晚发作，无以为计，只好听之而已。薄暮天色沉晦，定更（打定更炮）后风雨交作，雷电闪灼，暴雨如倾盆泻水，至四更后方止，雷雨益甚。
据富平县志载，咸丰五年（1855年），全县有46579户，254257人。到光绪二年（1876年）统计，有28543户，120302人。户数和人数都减少了一半。如果考虑到1869年之后的新增人口，估计1862--1869七年间损失了60%的富平县人。
据三原县志记载，咸丰十一年（1861年）三原县人口16万人，由于回民起义加之光绪年间两次瘟疫和大旱，三原人口锐减至4万人。回民起义两年间（1862—1863年），“县旧隶五百余村俱残破，仅存东里、蔡王二堡”。
高陵县，回民起义前的1861年，高陵县人口6.9万人。高陵县志记载，“同治三年（1864年），县内人口锐减至32192人。”两年时间减少60%。
甘肃平凉。据宣统《甘肃新通志》卷47，同治二年（1863年）八月，回民军队”陷平凉城府官……员死节者百余，士民死者十数万。”据《中国人口史》一书推算，同治年间平凉府（包括华亭，隆德，平远，海城，固原）人口损失249.1万，占战前人口的88。6%。
平凉华亭县，据记载，“同治二年十一月，陕回入境，焚杀极惨。初土回叛变，尚爱乡土，不甚残毒。及陕回入境，无所顾惜，焚杀惨于土回十倍。华亭从此丘墟。“”乡镇民屋焚杀殆尽，遗民数百悉逃莲花台。“平回后招安遗民，归城者仅七十余人，男女老幼死亡数万。据《中国人口史》，华亭县咸丰十一年（1861年）人口约17。1万，战争中人口损失约达94%． 平凉隆德县。据载：”同治四年县破城，从此官逃庄浪，城空无主者五年．人民杀毙饿死十有八九，老弱逃尽，全县无二三十人家。全县村村焦土，十室九空．”人口死亡比例高达90%．
庆阳镇原县志：”四乡堡寨攻陷无遗，而县城独全，盖四乡之人逃出虎口者，生后入城避难。是月初九日……回民军入城……，全城糜烂，死者不知其数。”据《中国人口史》，回民起义前全县人口26.9万，战争损失23。4万，损失比例为87%。
泾川县四县咸丰十一年（1861年）有人口92.8万，战争中人口死亡82.2万，损失88。6%。
战后安置
首先是对回民强制迁徙。马化龙被杀后，左宗棠把一万多陕西老弱回民，强行安置在平凉与华亭交界的化平川、圣女川等地，稍后又把三千多甘肃回民押解到这一带的荒凉之地。
最后，左宗棠的“善后”还包括在西北寻找清王朝的代理人，即“简彼族良善者，使自相什伍”目标的达成。从左宗棠给马占鳌下的“能明大义，才堪选用”的八字评语看，马占鳌就是他这次用兵西北过程中慧眼识珠发现的人才。自从马占鳌接受朝廷招抚后，不仅协助左宗棠扑灭了西宁、肃州两处的回军，而且在左宗棠离甘后，忠实地站在清政府一边，履行代理人的责任，利用军权夺取了河州各门宦的教权，从事变前一个年轻的阿訇，摇身一变成为集军权、教权于一身的举足轻重的人物。
影响争议
《剑桥中国晚清史》称“5月底（阳历）在华县附近，汉民焚烧一座回民村庄的行动触发了大规模汉回冲突”，将挑起冲突的责任归于汉人。左宗棠亦指出“陕回之祸由于汉回构怨已久，起衅之故实由汉民。"但冲突一起，回民比汉人更有组织，又因很多人当过兵勇，因此在湘军未到之前占了绝对上风，以优势兵力对汉人村庄进行逐村屠杀，杀死汉人几百万人。由冲突演变成如此级别的大屠杀，责任和前因后果就复杂了 。
华县<县志稿>卷三<建置志>：“自回族在圣山砍竹，州牧濮圭又右汉左回，堂谕云：‘汉伤回民，十以一抵，回伤汉民，一以十抵。 ’快班头秦英，回族也，忿忿下堂，谋变愈急。嗣后华山团长白祥生，合渭邑团长张映兰，缉诛回民十七人于麦田。诛回谍于白泉铺，回民纷纷北渡，秦家寨，也家滩焚烧一空，遂有回族大祸。”
暴乱启示
这些先辈的遭遇启示我们永远互相尊敬，互相理解，互相爱护，互相帮助，对于发生的问题公平合理的解决，和睦相处，全国人民的深长情谊将永远传承，团结友爱的精神将会永远造福人民 ，没有什么可以阻挡共同的幸福的生活的到来。