成吉思汗有一半江山是交付给木华黎打理的
而他对铁木真也忠心耿耿，从无二心。太祖军尝失利，会大雪，失牙帐所在，夜卧草泽中。木华黎与博尔术张裘毡，立雪中，障蔽太祖，达旦竞不移足。(意即铁木真打仗失败了，碰巧又下大雪，供食宿的牙帐连安放的地方都找不着，铁木真夜里只好睡在草泽中。而木华黎与博尔术一夜未动地在雪中拉着裘毡为他遮挡风雪)
另据记载，一天铁木真与木华黎同行于树林中，铁木真问木华黎:"假如强盗来了怎么办?木华黎说，为你用身体阻挡。话音刚落，土匪就冲出来了!木华黎一马当先，冲到主子面前拉弓搭箭，三箭齐发，射中三匪，吓跑了。可见他对铁木真的忠心。而铁木真后来就把他当成心腹，左膀右臂(犹车之有辕，身之有臂)。他既是铁木真的得力大将，很多时侯也充当他的军师。
当然，木华黎也不负这份信赖，为铁木真南征北战，灭乃蛮，统一蒙古诸部;攻辽金，经略南部江山。他都是铁木真成吉思汗的得力干将，足智多谋的军事统帅。而这当中，犹其以木华黎全权征讨金国最为著称，也体现了铁木真对他毫不怀疑的高度信任，君臣之间，能达此信赖程度，史上绝无仅有。
1206年蒙古建国时，木华黎是十大功臣之一，获封左翼万户长，管理着汗庭以东至今大兴安岭的广大地区。早在1911年随成吉思汗征讨金朝时，就指挥蒙军者别等大将大败金军于野孤岭(今张家口市西北)，会河堡(今河北怀安县城东)等地，几乎尽歼金军精锐，进逼金都中都(今北京)。一路南下，于1214年围攻中都，迫使金朝献女求和。
随后木华黎于1215年平了今东北南部辽宁一带。1217年，成吉思汗又封他为太师国王。见于其指挥作战和南征的经验丰富老成，更加被信任。8月，成吉思汗语重心长的对木华黎说:太行以北，我自己去经略。太行以南，由你去尽力吧!并把象征汗王权力的九旋大旗赐给木华黎，授以发号施令的全权。从此，铁木真率蒙军主力专注西方，而南征金朝的战争完全交由木华黎指挥。
之后木华黎率蒙军一部，于1217年攻陷益州，大名府，密州等诸城;又于1218年克太原，平阳及忻，代，潞，汾，霍等山西数城。1219年攻破岢，岚，隰，绛诸州。1220年，收降真定武仙，东平严实，取河北诸地。1221年取河北东平，葭，绥德，坊等地;1222年又占据了同州，蒲城。为蒙古的南征事宜作出下巨大贡献。
不幸的是，在攻长安和风翔的过程中失败，1223年回师山西，于3月病逝于闻言。葬于今陕西榆林市榆阳区西北23公里外的小纪汗方井克梁村西北。成吉思汗在木华黎死后亲自带兵攻打风翔时感慨地说:要是木华黎还在，我还用得着跑这来!充满了痛失爱将的惋惜。
值得一提的是，木华黎是最早意识到蒙军作战之后只顾掠夺和屠杀的做法是落后的人之一，也是最早开始学习和采纳汉法的人。他开始改变蒙军掠夺屠杀后一走了之的作法，招降汉将替其守城池而不是杀了他们;学习金朝建立行省;所掠"老稚"放归田里;经营城市收缴租税。这些都是可持续性的久远做法，为后来蒙哥，忽必烈建元中土打开了智慧的大门，积累了经验，也有利于减轻战争带来的破坏和损伤，缓和民族矛盾。