他是比利时高级知识分子，远渡重洋来到大清发展
我国封建帝国历史并不是与外界完全封闭的，清朝时期就有大量的传教士来到我国进行学术交流，其中还有很多选择了在大清定居，并最终死后安葬在这里。
说起清朝，很容易给人一种“闭关锁国”的印象。其实在清朝前期，中外之间存在交流互动，甚至连皇帝都对西洋充满兴趣，许多外国传教士还在朝廷身居高位，南怀仁就是其中之一。他是比利时人，曾担任清朝的工部侍郎，还为康熙讲解过几何学与天文学。
一、比利时博士，不远万里来清朝工作
1623年，南怀仁出生于比利时，十二岁时进入耶稣教会读书，十七岁进入鲁汶大学艺术学院学习。
鲁汶大学是世界上最古老的教会大学之一，在此学习期间，南怀仁系统地学习了亚里士多德的哲学，还涉及天文、地理、数学、历算等知识。
学完哲学课程后，南怀仁又在耶稣会学院学了一年数学和天文学，然后又花了两年时间拿到神学博士学位。这段学习经历，为他日后的中西交流打下知识基础。
作为教会工作者，南怀仁本打算去南美洲传教，但被西班牙王室拒绝。老天给他关上大门，却给他开了另外一扇窗。1654年，意大利耶稣会传教士卫匡回国述职，南怀仁与之交流后，受其影响，对大清产生心驰神往。于是，南怀仁要求前往清朝传教，并得到教会支持。
顺治十三年，南怀仁、卫匡等人由意大利启程，但出发不久就在路上遭遇海盗，所行物品被抢劫一空，他们不得不重新准备。第二年，南怀仁从里斯本出发，次年抵达澳门。
1659年，南怀仁进入大清内地，先是前往西安传教，过了段时间又被召入京城，担任汤若望的助理，在钦天监协助制订历法。
汤若望是一位著名的传教士，明末来华，后为清朝工作。清朝初年，汤若望多次向领导陈述新历法的优点，并用新历法准确预测了顺治元年的日食亏、食甚等天文现象，最终说服多尔衮，将新编纂的《时宪历》颁行天下。后来，汤若望担任了钦天监监正，深受顺治信任，还助力玄烨的胜出。
汤若望比南怀仁年长三十多岁，在华已经取得很大成就。南怀仁对这位长辈非常尊重，竭尽全力协助他工作。汤若望在写给同事的信中，对南怀仁评价道：
“他不仅掌握了这方面的科学，而且谦虚、坦诚。当他对这门学科从头到尾做了简明扼要的陈述后，我觉得无需再作任何补充了。”
二、经历挫折，却得到康熙的赏识
欧洲传教士来华，很容易与本土的传统儒家文化发生冲突，于是不得不改变传教策略，将教义与儒家学说相结合，因而传教士本身的工作也远超传教范畴。其中最突出的表现就是，他们要传播西方科技，甚至进入仕途，进而影响皇帝。康熙心胸开阔，喜欢西方科技，所以康熙朝，西方传教士能够得到较好待遇，工作得以顺利进行。
清朝时，中西文化的冲突，很重要的一个方面就是历法之争，这种冲突不仅超过科学文化领悟，甚至关系到民族心理。在这种情况下，康熙四年发生了著名的“历狱”。
康熙初年，敌视传教士的势力非常强大。康熙亲政之前，就出现过杨光先为代表的传统士大夫抗拒汤若望的极端行为。因顺治时，汤若望倍受恩宠，以杨光先为首的士大夫已经不满。待康熙继位，鳌拜便代表了这些人的意愿，对汤若望群起而攻之。
康熙三年，杨光先上书弹劾汤若望。紧接着，汤若望、南怀仁等人被关押审讯。汤若望当时年事已高，吐词不清，每次受审都由南怀仁代为答辩。在监狱中，南怀仁对这位长辈悉心照顾，甚至放弃自己出狱的机会。
康熙四年，辅政大臣们认为，汤若望大逆不道，应该千刀万剐，南怀仁等人应该拘禁与流放。这个时候，孝庄发话了，她认为：“汤若望向为先帝所信任，礼待极隆，尔等欲置之死地，毋乃太过。”
于是，汤若望、南怀仁得到释放。
康熙亲政后，汤若望与南怀仁得到平反。康熙八年春，在京城观象台，经过实测证明，南怀仁推算的太阳纬度与实测结果相同，从而战胜了鳌拜支持的杨光先。凭借天文历算方面的知识，南怀仁很快确立了自己的威望。
接着，康熙授予南怀仁钦天监监副的职位，并下令“历法天文，概第南怀仁料理”。从此，南怀仁深受康熙信任，后来还担任了工部侍郎。
三、担当多重角色，去世后受朝廷认可
在钦天监，南怀仁改造了观象台，重新建造了许多用于西洋新法的天文仪器。这些仪器不仅先进实用，同时也是典雅精美的艺术品，作为中西文化交流的硕果，至今仍然陈列于北京古观象台。
在制造仪器的同时，南怀仁将各种仪器的制作原理、安装和使用方法，详细记录，著成一本《新制灵台仪象志》。
康熙十三年，南怀仁绘制完成《坤舆全图》，该图系木刻、着色，由两个半球图组成。图的周围，分布着十四段注记文字，解释了许多自然现象。
除了在天文地理方面有所贡献，南怀仁的工作还涉及到监工、帝王师、翻译等多重角色。
清代，由于要到处平定战乱，康熙需要制造大量火炮。无论在规模上还是质量、数量上，康熙年间的火炮都达到一个高峰。南怀仁对此作出过突出贡献，他所设计的火炮，有三种还被列入《钦定大清会典》。
由于大清本土翻译人才的缺乏，在同欧洲国家交往时，很容易出现沟通问题。南怀仁通晓多重语言，因而数次担任清廷翻译，成为中欧交流的桥梁。
康熙喜欢西洋科技，备受信任的南怀仁因而成了帝王师。他为康熙讲授几何学与天文学，还将《几何原本》翻译成满文，并陪同康熙观测星相。
1688年，南怀仁去世，朝廷为其举行隆重的葬礼，并赐谥号“勤敏”。